Nervanderin ura sai äkkinäisen lopun, kun hän sairastui isorokkoon ja kuoli 15. maaliskuuta 1848. Kuollessaan hän oli vain 43-vuotias. Nervanderilla oli professorin, observatorion johtajan paikka sekä vapaa asunto observatoriossa ja oikeus pitää karjaa Kaisaniemen puistossa. Hänen perukirjastaan selviää, että hänellä oli vähän karjaa: lehmä, porsas ja 12 kanaa. Hyvästä asemasta huolimatta Nervander eli lähes poikkeuksetta koko elämänsä niukoissa oloissa. Hän nautti hyvää palkkaa, mutta sitä ei jäänyt juurikaan ylimääräistä, koska perheessä oli hänen itsensä lisäksi vaimo, neljä lasta ja myös vaimon sisko. Kotitalouteen kuului myös neljä piikaa. Nervanderilla oli maksettavana suuret velat ja hän otti lisää lainaa maksaakseen aiemmat lainat. Hän jätti perheensä samalla tavalla köyhyyteen kuin hänen isänsä oli aiemmin jättänyt hänet.